OneNote 本身没有批量处理页面的功能。

改变 OneNote 的主题，它只是改变主题，并没有改动你的内容。
OneNote 的页面排序也是一样的。它并没有真正改动你的 .one 文件的数据。
所以，同步到别的 OneNote 客户端时，别的客户端不是黑色背景的。

OneNote 的原生导出功能是无法导出黑暗背景色的 PDF 的。

不过，Gem 插件有这个导出带背景色的 PDF 的功能。

保存 OneNote 页面为 PDF 文件，并保持原来的页面底色（背景色
https://cn.onenotegem.com/a/documents/gem-for-onenote/2019/1113/170.html